续集故事取材于漫画家和月伸宏的漫画名作《浪客剑心》的《京都编》，以《京都大火篇》（上集）和《传说的完结篇》（下集）两集制作，预计明年夏季连续公映。故事的焦点放在了剑心与试图颠覆日本的劲敌志志雄真实的对战上。伊势谷扮演的四乃森苍紫，十五岁就当上江户城御庭番众的首领，被誉为天才，并深得手下们的信赖。幕府结束后，他为了部下，舍弃高官位子不做，宁愿去担任青年实业家武田观栁的私兵。他与下属的羁绊很深，同时是个具有独特审美的现实主义者。另一位田中泯饰演的柏崎念至（老翁）经营着民宿「葵屋」作为密探的后勤和情报中心，其身手与御庭番众前任首领不分上下。

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。

幕末时期，维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心引退后，选出同样具有高超剑术的志志雄真实继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际，为掩盖种种不可告人的秘密，新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转，怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”，他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时，剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动起来，朝向京都进发。一场决定历史命运的大战即将拉开序幕……